• 热线电话:010-56107385

联系方式

地 址:北京市昌平区北清路生命科学园博雅CC -9号楼2层
电 话:010-56107385
传 真:
邮 箱:support@ori-gene.cn

降解组测序

您现在的位置:首页 > 科研服务 > RNA领域 > 降解组测序

降解组测序

产品描述信息

     降解组测序主要针对miRNA介导的剪切降解片段进行深度测序,从中筛选miRNA作用的靶基因,并结合生物信息学分析确定降解片段与miRNA的精确配对信息。该技术能从细胞或组织中准确高效地筛选出miRNA的靶基因,为研究miRNA与其对应的靶基因的相互关系提供准确、高效的筛选手段。降解组测序技术已被广泛应用于靶基因功能研究、生物性状控制研究、发育进展研究、致病机理研究及药物研发等领域。

产品详细信息

 

1、高通量:一次测序可获得1000万条以上的序列信息,可充分覆盖该物种中的所有mRNA降解片段;
2、高准确性:能够实现从几个到几十万个拷贝的精确计数;
3、高分辨率:可以精确检测至单碱基差异;

4、重复性好:深度测序保证了检测的随机性,背景噪音低,不需要技术的重复;

5、一站式服务:提供miRNA鉴定、靶基因筛选等研究的全套完整解决方案

            样品类型:RNA

       样品浓度:RNA浓度≥500 ng/ul

       样品总量:RNA用量> 500ug;单次文库制备用量250ug,为保证实验的顺利进行,因此需保证样品总量大于2次以上的建库用量(不包括样品检测损耗);

       样品纯度:OD260/2801.8~2.2OD260/230≥1.0260nm处有正常峰值;

       RNA完整性:总RNA 28S/18S≥1.5。(距送样日最近的电泳结果)

【案例一】:通过对大豆种皮与子叶不同生长时期的材料进行降解组测序,分别鉴定出145个已知的miRNAs靶基因,并发现了25个新miRNAs靶基因在子叶中特异表达,12miRNAs靶基因在种皮中特异表达;与未成熟种子的子叶相比,成熟后期种子的子叶中miRNAs靶基因较多;GO注释结果表明miRNA靶基因在种子萌发过程中参与多种细胞过程,在大豆种子发育过程中发挥着重要的作用;

图1 miRNA剪切位点分析
图2 miRNA靶基因GO注释分析
 
【案例二】:利用降解组测序技术对葡萄叶组织进行研究,结果鉴定得到122个已知的葡萄特异mRNA靶基因和44个新的葡萄特异miRNA的mRNA靶基因。

[1]Bracken CP, Szubert JM, Mercer TR, et al. Global analysis of the mammalian RNA degradome reveals widespread miRNA-dependent and miRNA-independent endonucleolytic cleavage. Nuleic Acids Res. 2011, 39(13):5658-68.

[2]Song QX, Liu YF, et al. Identification of miRNAs and their target genes in developing soybean seeds by deep-sequencing. BMC Plant Biology. 2011,11:311-317.

[3]Shamimuzzaman M, Vodkin L. Identification of soybean seed developmental stage-specific and tissue-specific miRNA targets by degradome sequencing[J]. BMC genomics, 2012, 13(1): 310.

[4]Yang X, Wang L, Yuan D, et al. Small RNA and degradome sequencing reveal complex miRNA regulation during cotton somatic embryogenesis[J]. Journal of experimental botany 2013.

奇米影视 奇米 奇米网 俺也去 奇米影院 奇米影视四色 奇米影视777 奇米色