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我国绘制出世界首个一串红基因组图谱
作者: 来源: 发布于:2018-6-25 9:33:58 点击量:

喜讯:2018年6月19日,由北京源宜基因科技股份有限公司、北京市园林科学研究院及北京林业大学合作发表的“一串红高质量基因组图谱”文章在GigaScience杂志在线刊登,这标志着我国成为世界上首个绘制出一串红基因组图谱的国家。作为合作伙伴,源宜基因在该科研项目的开展过程中从技术路线、科研思路、高通量测序以及测序数据深度挖掘等方面给予了专业性服务。

 

 

一串红是唇形科(Labiatae)鼠尾草属(Salvia L)植物,从上世纪80-90年代的草花中的一枝独秀到当前的主流草花之一的衰落,主要原因之一是资源创新能力不足。因此,一串红种质创新亟需得以突破。在株型叶型调控、花期多样化、花色丰富度、适应多样性等方面,传统杂交育种难以满足种质创新需求,亟待借助新的基因组编辑技术进行更为灵活、精准的育种。

随着高通量测序技术的发展,全基因组从头测序已经成为快速了解物种的一个重要途径。全基因组测序及功能注释是基因组编辑开展种质创新的基石,对推动基础研究和产业发展至关重要。一个物种基因组图谱的绘制完成,有利于从基因组水平对该物种的生长、发育、进化、起源等问题进行研究,从而推动基础生物学、分子育种、遗传基因改良等方面的研究。

一串红全基因组测序,主要采用三代与二代测序结合的策略:利用PacBio单分子实时测序技术超长读长的优势,可解决二代测序高GC区域无法准确测定、高重复序列无法跨越、海量短序列组装困难等几大困扰,快速经济的完成基因组组装。经过多轮的优化组装,最终得到一串红最终版本基因组大小为808Mb,其中contig N50为2.26M,scaffold N50为3.12M,而且二代数据和三代数据与基因组的map比例比较高,表明基因组的完整度很好。

一串红高质量基因组组装及注释将为其株型、开花、生长发育等调控机制的解析和新品种创制奠定良好的基础。该研究是世界花卉基因组研究领域新突破,尤其是对于观赏植物草花而言,这是目前唯一的基因组谱,是一串红种质创新的基石。同时,为利用精油鼠尾草和一串红杂交或利用CRISPR-cas9等基因编辑技术,培育多用途一串红提供重要的理论参考。

 

 

 

参考文献

 

 

Ai-Xiang Dong, Hai-Bo Xin, Zi-Jing Li, Hui Liu, Yan-Qiang Sun, Shuai Nie, Zheng-Nan Zhao, Rong-Feng Cui, Ren-Gang Zhang, Quan-Zheng Yun, Xin-Ning Wang, Fatemeh Maghuly, Ilga Porth, Ri-Chen Cong, Jian-Feng Mao; High quality assembly of the reference genome for scarlet sage, Salvia splendens, an economically important ornamental plant, GigaScience,giy068, https://doi.org/10.1093/gigascience/giy068

 

 

 

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公司简介

 

 

北京源宜基因科技股份有限公司是一家专业提供生命科学前沿研究技术的高新企业。源宜基因致力于成为全球领先的基因组学解决方案提供者,专注于开发高通量测序实验技术以及生物信息学在生命科学研究领域的应用。到目前为止,源宜基因已合作发表多篇文章,涉及基因组学、 转录组学、 微生物组学、叶绿体基因组学以及荧光定量检测服务等多个方面。


 

 

 

文献原文网址链接

 

 

https://academic.oup.com/gigascience/advance-article/doi/10.1093/gigascience/giy068/5040257?guestAccessKey=e0af0d9c-f9a7-41b1-91f2-21862831aac4#


 

 

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